Cikal bakal Sekolah Islam Terpadu Al Biruni berawal di tahun 2002 dari nama ALOHA, sebuah Taman Kanak-Kanak dan lembaga kursus mental Aritmatika yang bertempat di Perumahan Bumi Tamalanrea Permai (BTP) Makassar yang kemudian dilepas dan berganti nama menjadi TK Al Farabi.
SDIT Al Biruni sendiri mulai beroperasional pada bulan Juli 2002 dengan menempati Hotel Maranu (kini Hotel Singgasana) yang berlokasi di Jl. Sultan Hasanuddin, Makassar, kemudian beralih ke Jl. Masjid Raya dari Tahun Pelajaran 2003/2004 s/d Tahun Pelajaran 2005/2006, dimana pada saat itu telah memiliki tiga kelas, yaitu kelas I, II, III dan sekaligus membuka unit sekolah SMPIT Al Biruni sampai dengan tahun 2007. Keinginan mengembangkan sekolah serta meningkatnya kepercayaan orang tua mendorong Yayasan Al Biruni Mandiri melakukan pengembangan sekolah sehingga berkonsekuensi pada kebutuhan akan lokasi sekolah yang strategis di Kota Makassar agar mendukung kemudahan akses menuju sekolah. Oleh karena itu yayasan memilih memindahkan seluruh unit sekolah ke lokasi terbaru di Ruko Diamond No. 12-14 Kompleks Ramayana, Jl. AP Pettarani.
Taman Kanak-Kanak Terpadu (TKIT) Al Biruni dan SMAIT Al Biruni sebagai unit sekolah baru didirikan pada bulan Juli 2010 sebagai komitmen pengembangan unit yang telah ada, yaitu SDIT dan SMPIT pada lokasi yang sama, yaitu di Jl. Pettarani menunggu penyelesaian renovasi gedung TK di Jalan Karantina No. 4.
Sementara berproses, pada tahun 2012 TKIT Al Biruni pindah ke Jl. Adyaksa No. 2-3, Makassar. Selain TKIT Al Biruni di Jl. Adyaksa No.2-3, Makassar, Yayasan Al Biruni Mandiri juga mengembangkan cabang di Jl. Jipang Raya pada Tahun Pelajaran 2013/2014.
Pada Tahun Pelajaran 2014/2015 semua unit sekolah yang ada di Ruko Diamond No. 12-14 Kompleks Ramayana, Jl. AP Pettarani dipindahkan ke Jl. Jipang Raya yang telah dimiliki sendiri, dan dengan selesainya pembangunan gedung di Jalan Karantina No. 4, maka unit TKIT dan SDIT dibagi menjadi dua sehingga dengan demikian SIT Al Biruni memiliki dua kampus sebagai realisasi rencana pengembangan sekolah.